La CIVP tiene una estructura compuesta de la Asamblea general, la secretaría ejecutiva, los comisionados, la secretaría general, el equipo asesor, el equipo técnico y el equipo de comunicaciones. 

La cabeza general de la CIVP es la Asamblea general que se conforma de la Secretaría ejecutiva y los comisionados.

Secretaría Ejecutiva 

La Secretaría Ejecutiva está encargada del funcionamiento de la Comisión Interétnica de la Verdad de la Región Pacífico y se conforma por un equipo que hace el ejercicio de secretaría permanente.  Esta secretaría está integrada por dos representantes de Chocó y uno por cada uno de los departamentos de Valle del Cauca, Cauca y Nariño. 

Comisionados por cada una de las Subregiones

La CIVP tiene un equipo de comisionados que ejercen la dirección política. Este equipo está conformado por Autoridades Étnicas, que pertenecen a cada una de las Subregiones. La CIVP tiene en total 11 comisionados(as). 

Secretaria general

El secretario(a) general es el encargado(a) de gerenciar, administrar y representar a la CIVP. 

Equipo asesor

El equipo asesor hacer acompañamiento y asesoría a todo el proceso de la CIVP. 

Equipo Técnico

Se conforma por el equipo investigativo y el equipo de comunicaciones

Equipo investigativo

El equipo técnico investigador está compuesto por investigadores profesionales e investigadores locales pertenecientes a las 10 subregiones.

Equipo de comunicaciones

El equipo de comunicaciones está compuesto por una red de comunicación desde las 10 subregiones y un comunicador (a) que anima el ejercicio de comunicación.