La Corte destacó la importancia de las voces de oposición para la democracia, y la obligación estatal de generar condiciones y garantías para su real participación en el debate público. En este sentido, estableció que “la ejecución extrajudicial de un oponente por razones políticas no solo implica la violación de diversos derechos humanos, sino que atenta contra los principios en que se fundamenta el Estado de Derecho, y vulnera directamente el régimen democrático (párr. 177)”.
Para el Tribunal, las acciones de estigmatización han recaído también sobre los familiares del senador Cepeda y los ha expuesto a continuar recibiendo hostigamientos y amenazas (párr. 209). Al respecto, la Corte valoró los pronunciamientos emitidos durante la campaña de reelección presidencial de Álvaro Uribe Vélez en el año 2006 y trajo a colación el pronunciamiento de la Corte Constitucional Colombiana (T-959) en el “que reconoció que la difusión de ciertos mensajes a través de medios masivos de comunicación menoscabó el buen nombre y la honra del señor Iván Cepeda Castro, en cuanto hijo de una de las víctimas de la violencia política del país y que los mencionados derechos también se han violado a sus familiares (párr. 206)”.
Aunque el Estado colombiano ya había reconocido parcialmente su responsabilidad frente a la ejecución extrajudicial del senador Cepeda, la Corte dio por probados hechos que el Estado se negaba a aceptar, entre ellos la existencia de una “estructura organizada que determinó, planificó y llevo a cabo la ejecución del senador Cepeda Vargas (párr. 101)”, en la que habrían participado agentes estatales como autores intelectuales, así como jefes y miembros de uno o varios grupos paramilitares (párr. 114), quienes habrían actuado en coordinación para perpetrar el crimen.
Frente a esta estructura compleja de participación criminal, la Corte determinó que el Estado colombiano está obligado a “desentrañar las estructuras que permitieron las violaciones, sus causas, sus beneficiarios y sus consecuencias (párr. 118)”, al tiempo que determinar “los patrones de actuación conjunta y todas las personas que de diversas formas participaron en dichas violaciones y sus correspondientes responsabilidades (párr. 119)”. Ello implica atender a la “comunidad de prueba” presente en otras investigaciones relativas a asesinatos, hostigamientos y amenazas de otros líderes, representantes e incluso candidatos presidenciales de la UP (párr. 120).
A propósito del proceso de desmovilización paramilitar y en consideración a la extradición de varios jefes paramilitares que cuentan con información relevante acerca del crimen del senador Cepeda, la Corte estableció que el Estado colombiano tiene el deber de desarrollar con mayor diligencia y coherencia las labores de individualización, identificación e investigación (párr. 164) de los beneficiarios del proceso, al tiempo que señaló claramente que “la aplicación de figuras como la extradición no debe servir como un mecanismo para favorecer, procurar o asegurar la impunidad”, en tanto “un Estado no puede otorgar protección directa o indirecta a los procesados por crímenes que impliquen violaciones graves contra derechos humanos mediante la aplicación indebida de figuras legales que atenten contra las obligaciones pertinentes(párr. 166)”. Al respecto, el Tribunal Interamericano acoge la decisión de la sala penal de la Corte Suprema de Justicia colombiana en la materia.
Con fundamento en los hechos probados, la Corte Interamericana determinó la responsabilidad por acción y omisión del Estado colombiano frente al derecho a la vida, integridad personal, derechos políticos, derecho de asociación, libertad de expresión, honra y dignidad, libertad de circulación y residencia, garantías judiciales y protección judicial del senador Cepeda Vargas y sus familiares.
Finalmente y derivado de lo anterior, la sentencia ordena al Estado colombiano adoptar una serie de medidas de reparación que incluyen la publicación de la sentencia, la realización de una publicación y un documental audiovisual sobre la vida política, periodística y rol político del Senador Cepeda, el establecimiento por una vez de una beca integral con el nombre de “Manuel Cepeda Vargas” para comunicadores y la realización de un acto público de reconocimiento de responsabilidad estatal en el Congreso de la República, con miembros de las dos cámaras y de las más altas autoridades del Estado.
Los familiares del senador Manuel Cepeda Vargas, la Fundación Manuel Cepeda Vargas, el Centro por la Justicia y el Derecho Internacional (CEJIL) y el Colectivo de Abogados José Alvear Restrepo (CCAJAR), hacen un llamado al Estado colombiano para que el espíritu de esta sentencia se proyecte en la adopción de garantías de no repetición, particularmente en la consolidación de un régimen en el que la libertad de expresión, la opinión crítica, la defensa de los derechos humanos y la oposición, gocen de protección, plenas garantías para su ejercicio, y sean concebidos como una contribución a la democracia y a la consolidación del Estado de derecho en Colombia.
